9月21日、東京地裁は、東京都教育委員会が教職員に対し「君が代」への起立と「国家斉唱を強制した通達（2003・10・23通達）について、教育基本法第10条の「不当な支配」に該当し、教職員には憲法19条の「思想・良心の自由」に基づいて起立・斉唱を拒否する自由があるとする判決を言い渡した。
　東京都教育委員会は、これまでこの通達に基づき2004年から2006年にわたる3年間、「停職」「戒告」「減給」等の行政処分を繰り返し、その数は延べ345人にも及んでいる。さらに、処分と併せ再雇用の採用取り消しも強行してきた。加えて、2年目以降は生徒が起立・斉唱しないことをもって教員の指導力を云々し、これも処分の対象とすることにより、教師を人質として生徒の内心の自由まで犯す蛮行を重ねてきた。
都庁職は、2004年4月15日、この不当処分が憲法19条並びに教育基本法第10条に違反するものとして、石原都知事並びに東京都教育委員会に抗議する声明を発表した。この中で、国旗・国歌法の国会審議の過程の政府答弁で、教員や生徒に強制されるべきものではないことが、繰り返し表明されたことを指摘した。また、そもそも、「日の丸」「君が代」は天皇制国家並びに軍国主義に結びつき、先の侵略戦争に利用されたことは紛れもない歴史的事実であることを強調してきた。
今回の東京地裁判決は、都教委通達と校長の職務命令の適法性について、「日の丸」「君が代」が「皇国思想や軍国主義思想の精神的支柱」として用いられてきたことは「歴史的事実」とし、懲戒処分まで行い起立・斉唱やピアノ伴奏の義務を課すことは、思想・良心を有する者の自由権を侵害しているとした。また、学習指導要領は法規としての性質を有するが大綱的基準にとどめるべきとし、教職員に対し一方的な理論や観念を生徒に教え込むことを強制する場合は教育基本法第10条第１項の「不当な支配」に該当し、法規としての性質は否定されるとした。判決はこの様に明確に違憲・違法との判断を下した上で、違反者の処分を禁止するとともに、401人の原告全員に1人3万円の慰謝料を支払うよう東京都に対し命じた。この内容は、まさに2004年の都庁職声明と軌を一にしたものである。
しかし、これに対し石原東京都知事は、9月22日の定例会見で「控訴する」ことを表明し、中村教育長もまた、「これから検討するが控訴することになる」と発言したことが報道されている。この点について、都庁職は厳しく抗議するものである。
今、小泉政権から権力の委譲を受けた安倍政権は、「改憲」や「教育基本法改悪」を明確に掲げている。今回の地裁判決はこうした策動に鉄槌を下すものとして評価されるものである。都庁職は、地裁判決を支持するとともに、石原知事と東京都はこれに従い、処分者に謝罪するとともに、これまで奪い取ってきた名誉と良心を回復するよう求めるものである。また、引き続き民主主義の否定を許さず、憲法及び教育基本法、教育の自主性と思想・信条・良心の自由を守り、闘いを継続していくものである。